部分矯正は、その手軽さや費用の面から魅力的な治療法として注目されていますが、全ての歯並びの悩みに対応できるわけではありません。特に、歯の土台となる顎の骨格に起因する問題や、歯のズレや重なりが非常に大きい重度の不正咬合の場合、部分矯正では限界があり、適応外となることが一般的です。まず、骨格的な問題が関与するケースです。これは、単に歯が傾いている、あるいは位置が悪いというだけでなく、上下の顎の骨の大きさ、形、前後的・左右的な位置関係に不調和がある状態を指します。代表的なものとしては、上顎骨が下顎骨に対して過度に前方にある、あるいは下顎骨が後退していることによる「骨格性上顎前突（出っ歯）」、その逆の「骨格性下顎前突（受け口）」、そして上下の顎が垂直的に大きく開いてしまい前歯が全く噛み合わない「骨格性開咬」などがあります。これらの症例では、前歯だけの部分矯正を行っても、根本的な骨のズレは改善されません。見た目を一時的にカモフラージュできたとしても、機能的な問題（咀嚼効率の低下、発音の不明瞭さ、顎関節への負担増大など）は残り、また、歯が無理な位置に配置されることで歯周組織に悪影響を及ぼしたり、治療後の安定性が著しく低く後戻りを起こしやすかったりします。多くの場合、これらの骨格性不正咬合の治療には、全ての歯を対象とした全顎的な矯正治療が必要となり、症例によっては顎の骨を切って移動させる外科手術（顎変形症手術）を併用した矯正治療が第一選択となります。次に、歯のズレや重なりが非常に大きい「重度の叢生（そうせい）」や、歯と歯の間に大きな隙間がある「重度の空隙歯列」も、部分矯正の適応外となることが多いです。歯が並ぶための顎のスペースが極端に不足している重度の叢生の場合、部分矯正で無理に歯を並べようとすると、歯列全体が前方に大きく突出し、口元の審美性を損なうだけでなく、歯根が歯槽骨から逸脱してしまうリスクさえあります。このようなケースでは、通常、上下左右の小臼歯などを抜歯してスペースを確保し、全顎矯正によって歯を三次元的にコントロールしながら適切な位置に配列する必要があります。IPR（歯冠隣接面削合）で得られるスペースには限界があるため、重度の叢生には対応できません。